藏傳佛教包含顯宗與密宗，顯宗皈依對象只是三寶。多數上師都按顯宗軌理傳授皈依，此中皈依僧寶並非日常接觸的凡夫僧，而是登菩薩位的聖賢僧，這一點與漢傳佛教相同。
某些上師會按密宗軌理，另加皈依上師，甚至本尊、空行護法，合稱「三根本」。這是否違背了只應皈依三寶的原則？宇廓嘉扎確英朗佐大師（1872-1952）《前行遍集論》載：「諸上師不外乎佛寶或僧寶，但賜予自己灌頂、導引者恩德尤大，故以上師為『加持根本』而皈依；一切本尊不外乎佛寶，但個人所修本尊，過往多生已有因緣，故以本尊為『成就根本』而修持；所有護法都視為內僧伽而皈依，但對於跟自己關係特別密切者，以其為『除障根本』而供養。」
可見三根本其實包含在三寶內，只是針對與個人實修相關者加以強調。本專欄已談過上師、根本上師等；至於本尊，廣義指任何可供修持的對象、任何密法的主尊，狹義指個人專修的佛菩薩。
許多灌頂尾聲，都要發願依止灌頂主尊作為自己本尊，不少信眾擔心接受每一個灌頂後都要每天修持該主尊，其實這是指內心依靠他，只要不捨棄他，不會想：「我絕不修持此尊！」即可。
傳統上，那諾空行、獨勇怖畏金剛等少數灌頂，才會要求受灌者每天持咒；受過心寶度母灌頂，須每日修持其上師相應法（但也有上師開許一般大眾免除功課）。此外沒太多灌頂有規範必修的傳統，倒可能是個別上師給予弟子功課，善信應留意大會資訊或上師開示。
事實上，大師們並不鼓勵修持所有曾經受灌的本尊，這樣分散修持反而難以成就，應該集中修持一兩尊，觀想該尊總集一切本尊，這樣修一尊即等同修持所有本尊。法界中諸佛菩薩體性相同，因應凡夫才示現不同形相，任何一尊本身都具足一切功德。
印度智者之首阿底峽尊者（982-1054）被迎請入藏，遇上寶賢譯師，發覺他精通佛學，遂說：「西藏有你在，我便不用來。」當問及他怎樣修持，他答每天分四座逐一修持所有本尊。尊者笑言：「那還是需要我來了。」並指應把諸尊合一修持：「印度人修持一尊而得百尊成就，西藏人修百尊卻無一尊成就。」
每位上師一生均受過數千灌頂，不可能全部修持，他們同樣是觀想諸尊融合為一而專修某尊。灌頂本身確實有修持的戒律，但多數沒指定本尊，修持任何一尊均可，唯密乘戒律並不限於此，更須止一切惡、行一切善、時刻保持清淨觀，這遠比每日念誦困難，可惜許多信眾都不知道或不重視此等戒律。受灌前只顧查詢有否功課規範，受灌後未能修心修德，結果罪障叢生。