很多人以為密乘戒律（三昧耶、誓言）就只是念誦，但其實念誦只是其中一小部分，更重要的是止一切惡、行一切善、時刻保持清淨觀。
事實上，密乘戒律要求的不僅是口頭念誦，而是完整的身、語、意修持，即為了培養眾生乃至一切事物本然清淨的見地，故恆時觀想自他為本尊，世間為淨土，人語以至自然界的聲音都是真言，念頭都是智慧──即使是煩惱，本質亦不異於菩提，只是我們內心迷亂，妄想分別而已。密乘觀修本尊，正是為了培養這種清淨觀。
不少人以為密乘與顯乘是兩個各自獨立的宗派，但藏傳佛教認為兩者是德，並無不可；但嚴謹的行者，需要先修學顯乘，其後才正式修習密乘，這樣才能發揮密法對治煩惱的真正功效。
密乘為何需要以顯乘為根本？這可以從很多方面解釋：其一，具足從小乘習得的出離心，修持密法才會成為解脫法；具足從大乘顯宗習得的慈悲心、菩提心，密法才會成為足以成佛的大乘法；具足空性見，密法才能成為出世間的正法。
其次，接受灌頂即受取密乘誓言，而受取誓言之前必須已受菩薩戒，受菩薩戒前必須已受皈依戒。因此，每次灌頂前行，上師都會帶領參加者皈依三寶、發菩提心，藉此受取皈依戒、菩薩戒；灌頂正行則授予誓言。接受灌頂即同時接受三戒，而前二種戒亦被視為廣義密乘戒的一部分。
寧瑪派的《大幻化網總說光明藏論》說：「一切別解脫律儀、菩薩學處、外密誓言，皆不得輕意越離故，是無上密宗誓言之根本或支分。」
薩迦派的《上師瑜伽暨供養廣軌．加持水庫》也寫道：「斷除殺生偷盜與邪淫，為上師故勇猛捨身獻，願護身之誓句不失壞；妄語兩舌惡口綺語斷，宣揚師德美譽及誦咒，願護語之誓句不失壞；貪心害心以及邪見等，意之不善捨棄而衷心，思維上師實為真佛陀，願護意之誓句不失壞。」
從上可見，密乘戒涵蓋種種止惡行善的行持。學密者若不修心修德，所修密法反而會成為邪法。薩迦派祖師扎巴嘉千（1147-1216）的時代，印度有一個專修大威德金剛的行者，十分擅長觀想本尊，但因為缺乏利他之心和空性正見，死後轉生為類似其所觀形相的大力魔。大威德金剛法相有九個威武莊嚴的頭，象徵九分教（佛陀教言可以分類為十二部經，又稱十二分教，其中幾種性質相似的合併為一類後，即九分教），其中三個頭更特別代表對治貪嗔癡；但那大力魔卻是九個肉瘤頭，他來到西藏，沒有人能應付他，最終被扎巴嘉千驅逐。
誠如噶舉派岡波巴大師（1079-1153）所言：「若不如法行持佛法，佛法反而會成為進入惡趣之因。」
