本欄目一直在談依止上師，「依止」（藏文ten pa）即尊奉其為師父，跟隨其修學。這與「皈依」（藏文kyab dro）的意思不完全相同。「依止上師」是拜師學法，但修持皈依時所說的「皈依上師」，並非只拜某一位仁波切為師，而是發願依靠一切上師──可以是以自己根本上師為主的所有上師。
許多漢人都誤會「皈依」是歸伏某一僧人，經常把皈依三寶說成「皈依某某法師」；藏傳信徒尤甚，因為密宗強調上師的恩德，三皈之外另加「皈依上師」。事實上，漢傳、藏傳佛教均無單獨皈依某人的傳統。在精簡皈依文中，我們只念「皈依上師，皈依佛，皈依法，皈依僧」；較詳細的皈依文則念「皈依至尊根本及傳承諸具德上師聖眾，皈依諸正等覺佛世尊，皈依諸正法，皈依諸聖僧眾」。凡此「諸」、「眾」等詞，均顯示皈依對象不僅一個。
主持皈依儀式的上師，是引介及見證我們皈依三寶的人，固然他也成為了我們的上師，但我們並非皈依他一人，而是皈依整體三寶。很多漢人覺得只有皈依師才是自己的師父，其他曾為自己說法、授戒、灌頂口傳的上師都不算師父。然而，藏傳佛教的真正觀念是：曾賜予任何法恩者，皆是自己的上師。其中傳授灌頂者（灌頂前行中已包括皈依），被認為比單單傳授皈依者更重要。
藏傳顯宗論著《道次第甘露藏》說︰「教授一偈的上師，以數劫時間供養亦難報其恩；何況是開示完整修行道路者，恩德更無法衡量。」密宗論著《黑降閻摩續釋難》寫道︰「即使只為我教授一頌的，若不尊奉其為上師，往後百世將受生為犬，接着再轉生為貧賤之人。」因此，藏傳佛教經常強調傳授與接受密法者，必須先觀察對方是否具格。一旦授受密法，任何一方若有違師徒責任（誓戒），即成重大惡業。
《光明藏論》等藏文經論，記載了六種上師。漢人卻經常忽略皈依師以外的上師，不承認其他曾為自己傳法者是師父，不重視與這些曾結法緣的上師之間的戒律，很容易造成過失和障礙。
古時，善妙海大師（1641-1713）修持多年仍沒有效果，他請教其根本上師，後者問他是否觀想資糧田（密宗一種須要憶念所有上師及三寶形象的修持步驟）時遺漏了某位上師，他才想起遺忘了教他文字、閱讀經文的老師，把那位老師補回觀想在資糧田後修持，果然生起了證悟。
連教導基本讀經的老師都不能忽略，其他上師則更不在話下了。
格西康囊雍智仁波切開示：皈依的對象是三寶，傳授皈依者也成為自己的老師。不論求受皈依、聽法、灌頂，均應先觀察該上師。否則，接受任何顯密教法後才覺得他有問題，捨棄上師，則惡業深重。